Paul Schäfer encargó a Gerd Seewald, jerarca de Colonia Dignidad, la confección de un archivo de inteligencia que sirvió para dar seguimiento a opositores de la dictadura, prisioneros políticos, militares, personeros públicos, incluso al dictador  Augusto Pinochet, entre otras personas.

Parte de los documentos creados por el colono fueron encontrados el 2005 en el marco de investigaciones judiciales realizadas contra jerarcas del enclave alemán y agentes de la DINA. Las fichas y otros documentos encontrados en Colonia Dignidad conforman el mayor archivo sobre la represión de la dictadura hasta ahora encontrado en Chile. Se espera que su análisis contribuya a profundizar en el conocimiento de las formas de operar de los aparatos represivos de la dictadura, así como respecto a la asociación ilícita que existió entre la DINA y la jerarquía de Colonia Dignidad.

Las primeras investigaciones, indican que el objetivo de fichar a un número indeterminado y variado de personas, en cuanto condición política, militar, social y/o económica nos habla no solo del vínculo y coautoría existente entre la Colonia y la Dictadura para la comisión de violaciones a los derechos humanos, sino también de la elaboración de prácticas de inteligencia y contrainteligencia utilizadas por la Colonia para mantener su hermetismo, autonomía y poder en Chile.

En el caso de las fichas de detenidos desaparecidos y militantes de izquierda perseguidos por la Dictadura, el contenido -de algunas de ellas- podría atentar contra la privacidad y el resguardo de datos personales. Por ello, como Asociación hemos decidido poner a disposición y acceso público solo aquellas fichas autorizadas por los familiares de detenidos desaparecidos y ejecutados políticos y por ex prisioneros políticos.